生物工程专业是应国家新兴战略产业发展要求而发展起来的一门新兴学科，是为生物产业培养应用型高级专门人才的专业。生物工程以人类对生物产品的需求为导向，运用生物学、化学和工程学相结合的方法、利用生物体（或部分生物体）生产人类需要的环境友好产品，开发可再生能源，修复生态环境，同时实现废弃物资源化的可持续发展的应用技术体系。 

现代生物技术的发展使生物工程正在成为发展最快、应用最广、潜力最大、竞争最为激烈的领域之一，生物工程专业人才需求显著。本专业的毕业生可进入生物制药、生物化工、食品、环保等领域的高新技术企业；或可进入政府机关、科研院所、设计、教育等机构中的相关部门；亦可考取生物工程、生物化工、生物技术、食品工程和环境工程等学科硕士研究生。

该学院具有绿色建筑技术及其理论博士项目，环境科学与工程一级学科硕士学位授予权，市政工程、环境工程、环境科学等二级学科硕士学位授予权，建筑与土木工程领域工程硕士授予权。给水排水工程综合实验室为山东省高校重点实验室。