制药工程专业是教育部首批“卓越工程师教育培养计划”试点专业、江苏省品牌专业，2015 年以优秀成绩通过“全国工程教育专业认证”。

培养目标：本专业培养具有职业道德素养和强化质量意识，掌握药品生产过程基本原理与技术，具备化学制药、生物制药等药物开发和工程设计能力，能从事药物的生产、运行、管理与营销，药品生产工程项目的设计、安装、施工与维护，获得工程师基本训练的高级工程人才。学院实施“卓越制药工程师”培养体系，按照“3+1”模式，强化学生工程实践能力的提高。

主要课程：无机与分析化学、有机化学A、物理化学B、化工原理B、生物化学、微生物学A、生物分离工程、药物化学、药物分析、药物合成反应、制药工艺学、药理学、工业药剂学、药厂设备及车间工艺设计、人体解剖生理学、药厂设备及车间工艺设计课程设计、药厂生产管理。

就业方向：毕业生绝大多数进入知名药企工作，也可在环保、轻工、食品、化工等系统从事医药原料及医药中间体的生产管理、开发、质量控制等工作，在药品监督管理部门从事医药宏观调控和技术监督，在大专院校和科研单位从事教学和科研工作。