生物工程类专业是我国首批生物化工专业之一，是首批国家特色专业、教育部专业综合改革试点专业、江苏高校品牌专业建设工程一期项目；已成为国内生物工程专业（生物化工）实力最雄厚、教学和科研成果最多、教研结合最具特色的人才培养基地，在生物化工方向全国排名第一。

培养目标：本专业培养掌握现代生物工程技术及其产业化科学原理、工艺过程和工程设计等基础理论、基本技能， 能在生物工程领域从事设计、生产、产品技术研究开发和工厂管理的高级工程技术人才。

主要课程：无机与分析化学、有机化学A、物理化学B、化工原理B、生物化学（省精品课程）、微生物学A（省精品课程）、生物反应工程、生物分离工程（国家精品课程、国家双语示范课程）、分子生物学、生物工艺学、发酵设备及工厂设计、生物工程专业实验、发酵设备及工厂设计课程设计。

就业方向：毕业生中50% 的学生进入国内外高校继续深造，也可从事生物制品及药物开发、动植物细胞培养、发酵工程、生物医药工程设计、海洋生物技术、化工、轻工、环保、能源等方面的工作。