软件工程专业是三江学院重点建设专业，人才培养目标定位是“面向江苏、立足南京，面向岗位群的具有“实践能力强、创新意识强、综合素质强”的高素质应用软件人才。

本专业是江苏省嵌入印度NIIT课程体系教学改革试点、江苏省首批卓越工程师（软件类）教育培养计划试点、江苏省服务外包人才培养试点。下设软件嵌入式人才培养方向，采用“3+1”培养模式，前三年在校学习基础知识和专业知识，最后一年到企业完成实训实习和毕业设计任务。本专业学生第一年学习结束后，可通过选拔进入卓越工程师班进行学习。卓越工程师班采用“2.5+0.5+1”培养模式，前两年半在校学习基础知识和专业知识，半年在校内中科三江软件工程师学院完成实践能力和职业素养训练，最后一年到企业完成实训实习和毕业设计任务。

移动互联网、云计算、大数据、物联网等新兴技术的发展，使得软件人才极度短缺，社会需求与日俱增，软件工程人才的就业前景十分乐观。2014年麦可思数据统计显示，软件工程专业在人气榜位列前十，在当年毕业生就业薪资榜排名第三，在毕业三年后薪资榜排名首位。